С.Л. Агафонов родился 9 сентября 1911 года в Нижнем Новгороде в семье городского архитектора, новатора и изобретателя Леонида Дмитриевича  Агафонова. При рождении мальчик получил довольно редкое в ХХ веке древнерусское имя Святослав.

И, наверно, это не было случайностью. Ему было суждено иметь  редкую профессию, связанную с изучением исторических памятников и своим созидательным трудом снискать поистине святую славу среди соотечественников - нижегородцев.

Святослав рос и воспитывался в художественной среде - ближайшие родственники по линии отца  имели высшее,  в основном, художественное образование.

Интересно, что в личном архиве Святослава Леонидовича до сих пор хранятся его детские наброски, начиная с пятилетнего возраста. Среди них целая серия рисунков, посвященная кремлям: Московскому и Нижегородскому. Может быть, отсюда - из далекого детства, протянулись нити его научного интереса к древнему оборонному зодчеству… Любовь к рисунку Святослав Леонидович пронес через все годы.

         Любопытным фактом из творческой биографии Святослава Леонидовича является его участие в 15-летнем возрасте (в 1926 году) во Всесоюзном конкурсе на проект мавзолея В.И. Ленина в Москве на Красной площади, причем его проектное предложение вошло в число 25 лучших из представленных на конкурс. В этом проекте мавзолей решался в виде высотного многоярусного сооружения, завершенного статуей В.И. Ленина и перекликался с композицией башен московского кремля. Аналогичная композиция в 1937 году была представлена арх. Б. Иофаном, по которому началось строительство главного здания страны – Дворца Советов…

В 1928 году по семейной традиции Святослав Леонидович едет в далекий Ленинград, твердо решив получить профессию архитектора.

В 1932 году он закончил архитектурно-проектировочный факультет института коммунального строительства, а в 1936 году Академию художеств там же в Ленинграде. В Академии он учился на одном курсе с будущими известными в стране зодчими: Рафаелом Исраэляном (Народный архитектор СССР), Виктором Владимировичем Лебедевым (академик РААСН), Яковом Николаевичем Лукиным (ректор Ленинградского высшего художественно-промышленного училища им. В.И. Мухиной) и др., дружбу с которыми он пронес через все жизнь. Очень тепло Святослав Леонидович отзывался о своих педагогах: профессоре С.С. Серафимове (автор Дома Госпромышленности и ансамбля площади Дзержинского в Харькове), под руководством которого он выполнил свой дипломный проект Дворца молодежи. Среди преподавателей Академии  были такие известные личности как профессора  В.Г. Гельфрейх, В.А. Щуко, Е.А. Левинсон, И.А. Фомин, О.Р. Мунц, И.Г. Лангбард, Л.В. Руднев и др. Получив диплом и квалификацию архитектора – художника, в 1930-е годы С. Агафонов работает в Ленгипрогоре над первым в ХХ веке генеральным планом города Горького, занимается проблемами реконструкции его центра, а  затем возвращается на родину, где работает в Горпроекте, проектируя поселки, жилые дома и общественные здания.

Знаковым для дальнейшей творческой судьбы С.Л. Агафонова стал тот факт, что в 1938 году вместе с сотрудником художественного музея М. Званцевым он пишет статью в «Горьковский рабочий», в которой поднимает важную проблему для города - восстановление кремля. В начале 30-х годов кремль частично предназначался к сносу. Представить же город на Волге без кремля кажется сейчас невозможным.

         Склонность к аналитическому мышлению привела в 1940 году Святослава Леонидовича в аспирантуру Академии архитектуры СССР на факультет истории и теории архитектуры. Но война 1941-1945 годов прервала мирную жизнь, учебу и научные исследования. С.Л. Агафонов возвращается в Горький, работает в службе маскировки города, где пригодились знания и умения архитектора и инженера.

После окончания войны С.Л. Агафонов возобновляет учебу в Москве, глубоко изучает русскую деревянную архитектуру - бесценное достояние нашего народа. В 1946 году Академией архитектуры он был назначен руководителем научной экспедиции по исследованию деревянного зодчества Костромской области, в результате которой был собран уникальный материал по неизвестным памятникам средневековой Руси, находящимся, в основном, в аварийном состоянии. По материалам обмеров были выполнены проектно-реставрационные чертежи, представляющие значительную ценность для истории архитектуры. Предметом научных исследований Святослава Леонидовича также были древние оборонительные сооружения. Став специалистом по русскому средневековому зодчеству, он уже был готов приступить к восстановлению Нижегородского  кремля.

С. Л. Агафонов стоял у истоков реставрационного дела в городе Горьком.  В 1949 году здесь был организован участок Республиканской специальной научно-реставрационной производственной мастерской. Реставрационные работы по кремлю начались  после постановления Совета Министров РСФСР от 30 января 1949 года. Тогда московский архитектор И.В. Трофимов начал обследование памятника. После его отъезда в Москву в 1951 году С.Л. Агафонов в качестве главного архитектора и научного руководителя реставрационной мастерской возглавляет реставрацию кремля. Эта работа становится основным смыслом его жизни.

         В то время, когда зодчий-реставратор приступил к восстановлению ансамбля, обобщающие труды по русским средневековым крепостям еще отсутствовали. С.Л. Агафонову пришлось самостоятельно заниматься научным исследованием существующих во многих городах России оборонительных сооружений древнерусского зодчества. Он также досконально изучил  средневековые крепости Италии и ряда городов Европы, их историю, планировочную структуру, композиционные особенности, архитектуру, системы фортификации, средневековое оружие. Это позволило ученому компетентно подойти к проблемам реставрации Нижегородского кремля.  В частности, он первым наглядно изобразил на чертежах принципы устройства подъемных мостов, опускных решеток и воротных камер в проездных башнях кремля.

         На протяжении почти полувека С.Л. Агафонов вел одну из сложнейших и масштабных реставрационных работ - воссоздание первоначального облика уникального сооружения. Его деятельность по возрождению этой крепости без преувеличения можно назвать трудовым подвигом, достойным восхищения. В 1990 году С.Л. Агафонов стал первым в Нижнем Новгороде лауреатом государственной премии в области архитектуры.

Вместе со С.Л. Агафоновым, под его руководством над реставрацией кремля трудился коллектив Горьковской специальной научно-реставрационной производственной мастерской. Это был коллектив специалистов и единомышленников. Вот некоторые его представители: директор мастерской К.И. Рязанов, архитекторы В.Я. Чащин, Е.А. Окишев,  Л.И. Пименов, И.Б. Потапов, В.В. Орельский, инженеры Н.П.  Колпашников, Б.Л. Вальков, П.В. Баландин, А.И. Михайлов и др.

Ушло в далекое прошлое первоначальное назначение кремля, но сохранилось другое - быть украшением  города на века. Эту красоту и вернул к новой жизни Заслуженный архитектор России С.Л. Агафонов.

         Богатейший опыт Святослава Леонидовича, приобретенный в ходе реставрации позволил ему выступать научным консультантом по реставрации крепости Орешек (Шлиссельбург), Старой Ладоги, кремлей в Смоленске, Пскове и других городах России.

         Нижегородский кремль являлся не единственным объектом его реставрационных работ. Научно-реставрационная деятельность С.Л. Агафонова связана также с возрождением памятников архитектуры Нижнего Новгорода и городов Нижегородской области: Михаило-Архангельского собора на территории Нижегородского кремля, строгановских церквей в Гордеевке и на Рождественской улице, Печерского Вознесенского и Благовещенского монастырей, Успенской церкви на Ильинской горе, нижегородских «белокаменных палат» ХVII века, Никольской и Спасской  церквей в Балахне, Макарьевского Желтоводского монастыря, усадьбы Пушкиных в Болдине и др.

         С 1965 года С.Л. Агафонов руководил архитектурной секцией Горьковского отделения Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры, через которую прошли многочисленные проекты восстановления объектов культурного наследия Нижегородского края.  Святослав Леонидович остро переживал за судьбу памятников и делал все возможное, чтобы спасти и сохранить их.

         Свой  богатый опыт архитектора-практика и инженера-строителя С.Л. Агафонов передавал молодежи, начав свою педагогическую деятельность еще в 1943 году. В 1966 году в Горьковском инженерно-строительном институте (ныне ННГАСУ) открылась обучение по архитектурной специальности, и одним из ведущих педагогов института стал профессор С.Л. Агафонов. В 1971 году он защитил научную диссертацию по Нижегородскому кремлю, обобщив бесценный  опыт восстановления этого уникального памятника фортификационного искусства.

На архитектурном факультете Святослав Леонидович читал курс лекций по истории русской и всемирной архитектуры, вел курсовое и дипломное проектирование,  организовывал экспедиции по изучению памятников деревянного зодчества в Архангельской, Вологодской, Костромской и Горьковской областях. Вместе профессором Ю.Г. Самойловым он составил первый подробный аннотированный список памятников архитектуры нашей области. Тесное общение Мастера реставрации с учениками происходило во время  обмерных практик, превращавшихся в научные экспедиции. Их материалы  становились достоянием многих реставрационных мастерских страны, часть их хранится в Музее архитектуры им. А.В. Щусева. В 1994 году исполнилась мечта Святослава Леонидовича: в ННГАСУ, благодаря его усилиям, было открыто обучение со специализацией по архитектурной реставрации. (К сожалению, в настоящее время, оно не ведется).

         За большие заслуги перед родным городом С.Л. Агафонов был удостоен звания «Почетный гражданин Нижнего Новгорода».

         С.Л. Агафонов - один из первых летописцев архитектурной истории столицы Поволжья. Всем хорошо известны его книги: «Горький – Нижний Новгород», «Горький, Балахна, Макарьев», «Нижегородский кремль». За последнюю из них, переизданную в 2008 году, автор стал лауреатом премии Нижнего Новгорода (посмертно). Им также написан  целый ряд учебников и монографий по истории архитектуры, где рассмотрены закономерности развития и смены исторических архитектурных стилей и прослежена взаимосвязь зодчества целых регионов.

С.Л. Агафонов  был всесторонне одаренным человеком. Талант инженера, архитектора,  художника, ученого и педагога соединились в нем органично. Его творческое наследие воплотилось в постройках и проектах, в восстановленных памятниках, обретших второе рождение, в его книгах, в его учениках - продолжателях благородного дела.

                Высокая человеческая культура в сочетании со скромностью, добротой и подлинным профессионализмом привлекали к Святославу Леонидовичу коллег, которые шли к мэтру и патриарху нижегородской архитектуры за консультацией и советом. В нижегородской архитектуре он олицетворял знания и мудрость.

Умер С.Л. Агафонов 4 июня 2002 года. Похоронен на городском кладбище на улице Пушкина.