Для хранения и документального обеспечения оперативной работы высших парторганов, в отделах ЦК были созданы текущие архивы, в том числе и секретные. Свои архивы были созданы и в Бюро Секретариата. По Положению о Бюро Секретариата и помощников Секретарей ЦК в 1922 г. в технический аппарат Бюро Секретариата, наряду с канцелярией, секретарями в Политбюро и Оргбюро, шифротделением, входил и архив. В 1924 году в Бюро Секретариата было уже три архива. В Техническом секретариате Политбюро работало 6 сотрудников (заведующий архивом, 2 помощника заведующего архивом, 3 архивариуса), в Техническом секретариате Оргбюро - 1 (заведующий архивом), а непосредственно в архиве Бюро Секретариата было 5 сотрудников (заведующий архивом, 4 архивариуса). Все эти архивы были секретными.
В начале дела в секретных архивах формировались по тематическим папкам (протоколы, постановления и выписки Политбюро, Оргбюро, Секретариата). Подготовительные материалы первоначально формировались отдельно от протоколов заседаний. Для систематизации папок была введена номенклатура дел. Отдельно для дел Политбюро и отдельно для Оргбюро и Секретариата.
К середине 1925 года введение в ЦК системы единого делопроизводства было завершено. Новая система делопроизводства привела к новой системе комплектования дел. Каждая папка теперь должна была соответствовать заседанию Оргбюро или Секретариата. В архиве Бюро Секретариата началась работа по созданию чистовых вариантов протоколов заседаний Политбюро, Оргбюро, Секретариата, к которым присоединялись и материалы к ним. Продолжалось и комплектование архивов ЦК. Так, в 1928 году Секретный архив Секретариата принял на хранение документы за 1925 год.
С 1924 года ЦК взял курс на обособление архивов партии, т. е. ведомственную принадлежность, так как партийные документы не подлежали передачи на государственное хранение в Политическую секцию Архивов Октябрьской революции. Все это увеличивало закрытость и степень защиты партийной информации от несанкционированного доступа извне. Большое количество поступающих документов требовало организационной перестройки уже существующего архива ЦК РКП(б), его расширения и приближения к высшим парторганам, т. е. к главному пользователю. На заседании Оргбюро 9 февраля 1925 года был рассмотрен вопрос об архиве ЦК РКП(б). На заседании Секретариата 13 марта 1925 года было принято решение в архиве ЦК выделить Оперативно-секретную часть для хранения секретных документов, архив хранить в Кремле, а его Оперативно- секретную часть в Секретариате ЦК. И. П. Товстуха был назначен Заведующим архивом ЦК. В архивах Секретариата ЦК сосредотачивались почти все документы ЦК как исторического, так и оперативного, в том числе секретного, характера. Хранение и использование партийных документов, прежде всего, секретных, проходило под контролем Генерального секретаря И. В. Сталина, через подчиненный ему аппарат.
Для рассмотрения вопроса о расширении архива ЦК в мае 1925 года постановлением Оргбюро ЦК была создана комиссия в составе А. С. Бубнова, Л. З. Мехлиса, С. И. Канатчикова. Комиссии поручалось представить в Секретариат проект постановления о распределении и хранении архивных материалов. На заседании Секретариата ЦК 12 июня 1925 года было принято решение при Секретариате иметь на ближайший период два архива: общий Истпарта и Секретный Бюро Секретариата. В общий архив Истпарта передавались на хранение несекретные документы. Все конспиративные документы передавались на хранение в Секретный архив Бюро Секретариата ЦК. Кроме того, снижался порог хранения документов текущего делопроизводства непосредственно в отделах ЦК с 5 до 3-х лет». Большой объем поступающих документов в секретный архив, организация их хранения и использования, требовало увеличение штата сотрудников Бюро Секретариата. Так, на заседании Секретариата 20 ноября 1925 года была удовлетворена просьба Бюро Секретариата об увеличении штата бюро на 8 человек, в том числе для организуемого Секретного архива на 5 человек. А для регламентации работы архива под руководством Л. З. Мехлиса была разработана «Инструкция работы в Секретном архиве Бюро Секретариата».
Все сотрудники секретных архивов, как и все сотрудники Бюро Секретариата (Секретного отдела), являлись секретными сотрудниками ЦК, а их руководители (заведующие архивами и их заместители) секретными сотрудниками Бюро Секретариата ЦК, работа которых по нагрузке приравнивалась к массовой партийной работе.
Работа с секретными документами партии регламентировалась только партийными постановлениями. Так как Секретный архив постоянно пополнялся новыми материалами, необходимо было определяться с составом и порядком использования документов. В 1925 году был установлен порядок обязательности хранения в Бюро Секретариата ЦК подлинников стенограмм (с авторскими правками) заседаний ЦК и его комиссий, партсъездов и конференций. Наиболее важные и секретные документы выдавались пользователям по решению или согласованию непосредственно на заседаниях Секретариата ЦК.
В 1929 году при Институте Ленина создается единый партийный архив, а затем и его 26 местных союзно-республиканских и областных отделений. Для хранения секретных документов в партийных архивах на местах образовывались секретные отделы. В едином партийном архиве должны были быть сосредоточены партийные документы, отложившиеся в делопроизводстве до 1921 года и отдельные документы с 1921 года, утратившие свое оперативное значение и личные фонды. Финансирование единого партийного архива предполагалось производить по смете Института Ленина. 22 марта 1929 года Секретариат ЦК принял постановление о сотрудничестве Института Ленина и Секретного отдела ЦК. В Положении о едином партийном архиве ВКП(б), утвержденном Секретариатом ЦК 28 июня 1929 года, отмечалось, что все основные директивы по руководству партийными архивами даются Институтом Ленина по согласованию с Секретным отделом ЦК. В едином партархиве создавался Секретный отдел, в котором хранились секретные документы. Вопрос о секретности материалов и их рассекречивании разрешалось совместно с представителями Института Ленина и Секретного отдела ЦК, а на местах - секретарем местной партийной организации и заведующим местным Истпартом. Единый партийный архив разделялся на исторический и оперативный, последний с подотделами: секретным и общим.
В данный период также была проведена большая работа в целях определения сроков хранения и уничтожения партийных документов. Следует отметить, что в состав проверочных и разборочных комиссий по экспертизе ценности документов и определению сроков их хранения входил представитель от Секретного отдела ЦК ВКП(б), а на местах заведующие Секретных частей парткомов. В Инструкции горкомам о хранении конспиративных документов от 10 июля 1928 г. конспиративными считались документы ЦК (циркулярные, нормативные, распорядительные и др.). Сроки хранения конспиративных документов не были обозначены. Они определялись отделами ЦК и передавались на хранение особым образом. Хранилища партийных документов разделялись на две части: общую и секретную. Секретные документы помещались и хранились отдельно от несекретных.
Утвержденное Секретариатом ЦК ВКП (б) 28 июня 1929 г. «Положение о едином партийном архиве» окончательно оформило самостоятельную (ведомственную и закрытую) систему партийных архивов. Через 10 лет, в соответствии с постановлением Оргбюро ЦК ВКП (б) от 2 декабря 1939 года все партийные архивы выводились из подчинения ИМЭЛ при ЦК ВКП (б) и передавались в ведение местных партийных органов, т. е. становились частью партийного аппарата.
Наряду с организацией и концентрацией партийных документов в единой системе партийных архивов, создавались специализированные секретные архивы по направлениям деятельности структурных подразделений ЦК. 1 января 1931 года, был рассмотрен вопрос об организации при Оргинструкторском отделе ЦК ВКП(б) единого архива ЦК для хранения информационного материала. Организацию архива возложили на Оргинструкторский отдел ЦК, а Секретному отделу ЦК поручалось установить контроль за соблюдением в работе информационного архива установленных ЦК ВКП(б) «Правил ведения секретного делопроизводства и обращения с конспиративными материалами. Данный архив был секретным, на него распространялись правила ведения секретного делопроизводства и соблюдения режима секретности.
14 октября 1935 года было утверждено постановление Оргбюро «О хранении архива Маркса-Энгельса-Ленина и о порядке пользования документами». В основном, документы архива, включая подлинники Маркса, Энгельса, Ленина, а также их страховые копии, находились на особом хранении. Допуск в помещение архива имели только утвержденные по особому списку сотрудники архива, директор института и его заместители по пропускам. Доступ непосредственно в хранилища подлинных документов Маркса-Энгельса-Ленина имели только директор института, заведующий архивом и их заместители, обязательно в присутствии начальника охраны. В постановлении ЦК, касающегося организации архива, отдельными главами регламентировались прием сотрудников на работу и охрана архива. Охрану архива осуществлял НКВД. Сотрудниками архива могли быть только члены ВКП (б). По особому постановлению Дирекции института предписывалось пересмотреть наличный состав сотрудников архива и представить кандидатуры сотрудников института и допускаемых к пользованию документами архива. на утверждение в ЦК ВКП(б).
На местах также были созданы партийные архивы, где хранились документы как исторического плана по истории парторганизации, так и оперативные документы текущего секретного хранения. Секретные документы хранились в оперативно-секретных частях партийных архивов. Режим секретности, хранения и использования регламентировались общими постановлениями ЦК, нормативными документами и местными решениями партийных организаций. В дальнейшем система хранения секретных документов партии вплоть до начала Великой Отечественной войны почти не менялась.
Система хранения секретных документов партии складывалась и развивалась вместе с системой партийных архивов в целом. В начале, в основном, в больших отделах ЦК, таких как: Орготдел, Учетно-распределительный, Секретный (Бюро Секретариата) возникали свои архивы оперативных документов, в том числе и секретных. Для документального обслуживания высших органов партии также создавался определенный технический аппарат с архивным хранением документов. Секретные архивы были в Техническом секретариате Политбюро, Оргбюро, Секретариате ЦК и непосредственно в Секретном отделе - Бюро Секретариата. Там откладывались документы секретного делопроизводства, материалы заседаний, протоколы Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК и др.
Документы партийных архивов были закрыты для беспартийных, а к секретным документам допускались только члены партии по решению соответствующего партийного комитета. Кремлевские архивы ЦК (Политбюро, Оргбюро, Секретариата) а также архивы Секретного отдела, отделов ЦК всегда оставались закрытыми, допуск к ним был строго ограничен даже для сотрудников ЦК. Данные архивы непосредственно обслуживали высшие органы партии, членов Политбюро и Секретарей ЦК. Нынешний Президентский архив берет свое начало из кремлевских архивов Политбюро, Оргбюро Секретариата ЦК.