Наиболее засекреченными документами ЦК были часть протоколов из обычных заседаний высших органов партии, но решаемых в секретном порядке или непосредственно протоколы закрытых (секретных) заседаний парторганов и секретных комиссий и материалы к ним, формировавшиеся в так называемые «особые папки». Точно не известно время возникновения, как комплекса документов, так и термина «Особая папка». В партийных архивных материалах пока не найден документ, официально вводивший этот термин в оборот и перечень документов, включенных в «особую папку». В любом случае можно говорить об «особой папке» как о комплексе документов особо секретного характера, отложившихся по секретным вопросам на обычных заседаниях и на секретных (закрытых) заседаниях парторганов. В основном - это секретные протоколы и подготовительные материалы к ним: черновики, стенограммы, телеграммы и т. д.
Впервые в документах Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК термин «Особая папка» появляется в 1924 году. Так, первое упоминание «особой папки» мы находим в протоколе № 5 заседания Политбюро, проходившем в январе 1924 года, по вопросам НКИД – так в данном протоколе отмечено: «Решение – «Особая папка»; в протоколе Политбюро № 40 от 11.12.24 года п. 35 - О лиге наций – «Решение - «Особая папка». Ранее упоминание «особой папки» в открытых протоколах Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК не встречалось. Как видно, в открытых протоколах обозначался только обсуждаемый вопрос; в постановлении содержание не раскрывалось, а только кратко отмечалось: «Решение – «Особая папка». Материалы к данным постановлениям, черновики, рукописные варианты и т.д., а также текст решения хранились отдельно. Они не включались в протокол, направлялись для хранения в тематические папки Политбюро с обозначением «в протокол не вносить» или «к протоколу не прикладывать». По всей видимости, они хранились либо непосредственно в секретном архиве Политбюро, либо в архиве Бюро Секретариата (Секретного отдела).
Секретные протоколы и составляли основную часть документов «особой папки» Политбюро. Особые протоколы оформлялись в «нескольких экземплярах и выписки из них рассылались лишь тем должностным лицам, которым предписывалось выполнять соответствующее постановление. При чем рассылалось не все решение полностью, а только тот пункт из него, который касался данного лица. Под каждым решением в особом протоколе делалось указание, кому послана его копия».
По признакам оформления и содержания информации «особые папки» являлись особым комплексом документов высших органов партии. Материалы тематических папок Политбюро также входили в «особую папку». «Особые папки» формировались как в центральных органах партии, так и на местах. При чем один из экземпляров «Особой папки», на уровне не ниже обкома, после формирования пересылался в ЦК.
Состав сведений (вопросов), включаемых в «особую папку», а значит, подлежащих засекречиванию, касался самых различных сторон партийной и государственной деятельности. В основном, это вопросы государственной безопасности и внутренних дел, международной, оборонной, национальной, административной, кадровой политики, рекомендации по использованию и сохранности секретных сведений и документов, контроль за соблюдением режима секретности в партийных и государственных органах, антигосударственные выступления и беспорядки, контрреволюционная и оппозиционная деятельность. Так же в «особую папку» включались решения по особо важным хозяйственным вопросам, выявленный компромат на руководящих сотрудников и т. д. Причем, вопросы военно-мобилизационного и международного характера, в конце 1930-х годов преобладали. Круг сведений, включенных в «особую папку» парторганов зависел также от статуса, географического положения, социально-экономического потенциала региона. Так, в приграничных районах, в «особую папку» включались вопросы по охране и укреплении границ, в промышленных - работы оборонных предприятий, в национальных - проблемы национальных взаимоотношений и т. д. В принципе, в «особую папку» мог быть включен любой вопрос, считавшийся парторганом особо секретным и не требующим разглашения.
Определенные сведения в те или иные периоды могли носить как секретный, так и открытый характер в зависимости от сложившийся обстановки, значимости и актуальности вопроса. Ответственные сотрудники парторганов должны были следить за недопущением включения вопросов «особой папки» в общий протокол. Так, в 1941 году, не задолго до войны, ЦК дал строгое указание некоторым парткомам не вносить в открытые протоколы, секретные вопросы (секретно-мобилизационное делопроизводство, призыв и учет военнообязанных коммунистов, результаты проверки соблюдения и использования конспиративных документов ЦК, уничтожение архивных документов по оборонно-мобилизационной переписке, халатном отношении к секретным документам, состоянии хранения документов в учреждениях, вопросы закрытых писем и использовании информации закрытого характера, работы оборонных предприятий, разглашения государственной тайны, охраны и укрепления государственных границ, интернирования и переселения с приграничной полосы, укрепления паспортного режима и т. д.) и навести в этом деле порядок.
Следует отметить, что «особые папки» имелись во всех партийных комитетах, начиная с парторганов на местах и кончая Политбюро ЦК. Содержащаяся информация, и само существование «особой папки», строго засекречивалось. Давая характеристику «особой папки», можно говорить о ней как:
1. О комплексе документов;
2. системе защиты особо секретной информации;
3. термине, обозначавшем наивысшую степень секретности документов и содержащейся в них информации;
4. об ограничительном грифе.
Также особенностью «особой папки» является не только в вышеперечисленных признаках, но также и в специфическом содержании находившейся в ней информации, которая затрагивает в основном сферы внешней политики, деятельности силовых структур, межпартийной борьбы, кадровой политики. В партийном документальном массиве также встречаются и так называемые «внепротокольные решения». Данные документы могли состоять из постановлений, решений, телеграмм и т. д. Они изымались из протоколов и поступали в тематические папки секретного архива Политбюро.
Не смотря на специфику, количество и круга задач, выносимых на закрытых заседаниях парторганов и документов, откладывавшихся в «особую папку», всегда оставался определенный круг вопросов и сведений, которые в обязательном порядке подлежали засекречиванию и внесению в «особую папку». Это сведения, составляющие государственную и партийную тайну, вынесенные в «Перечень сведений, составляющий тайну и не подлежащих распространению», а также вопросы внутрипартийной борьбы и те вопросы, которые парторганы засекречивали по политическим соображениям.
«Особые папки» Политбюро начали рассекречиваться в 1997 году. В настоящее время процесс рассекречивания «Особых папок» еще не завершен.